การกรอง Email ที่เป็น Junk หรือ Email ที่มีไวรัส เป็นเรื่องสำคัญในการให้บริการ Email Hosting หากไม่มีระบบกรอง Email ที่เป็น Junk และ ไวรัส จำนวนมากก็จะวิ่งเข้าไปหา End User หรือ พนักงานที่ใช้งาน Email และ ทำให้พนักงานคนนั้นได้รับแต่ Junk หรือ อันตรายมากกว่านั้น พนักงานที่ไม่ได้มีความเชี่ยวชาญเรื่องคอมพิวเตอร์ อาจจะไปกดเปิด ไวรัส ที่ถูกส่งมากับ Email ทำให้โดน โจรกรรมข้อมูล (Hack) ในเครื่องคอมพิวเตอร์ในเครื่องพนักงานคนนั้น

การทำงานของระบบกรอง Junk Mail หรือ Junk Mail Filter จะมีลักษณะการทำงานดังนี้

เมื่อมี Email ใดๆ ส่งเข้ามายัง Email Hosting ของตนเอง Email Hosting ระบบกรอง Spam Mail จะทำการรับอีเมลทั้งหมดไว้ก่อน

หลังจากนั้นระบบกรอง Spam Mail จะทำการประมวลผลด้วยอัลกอริทึม ว่าจะปล่อยให้ Email ฉบับใดเข้าไปใน Email Hosting บ้าง

Email ฉบับใดที่ระบบกรอง Spam คิดว่าเป็น Junk จะถูกดัก และ เก็บเอาไว้ใน Email Hosting Folder Spam เพื่อป้องกันการประมวลผลผิดพลาด และ Admin ก็สามารถเข้ามาดูได้ หากคิดว่าอีเมลฉบับใดนั้นยอมปล่อยให้เค้าระบบ ก็สามารถมาทำการกดปล่อยอีเมลนั้นให้เข้าระบบได้เอง

ด้วยระบบกรอง Spam ที่ดี จะสามารถปกป้อง Email Hosting ให้รอดพ้นจากการโดน Bomb Email ซึ่งอาจจะส่งผลให้ Email Hosting นั้นพัง หรือไม่ก็ทำให้ End User ได้รับ Junk Mail จำนวนมาก